學者認為太極門假案，是檢視台灣法治現狀的照妖鏡。臺灣財經刑法研究學會理事長陳志龍教授指出，太極門案並非單純稅案，而是「羅織入刑、羅織入稅」的案子，是台灣「超級荒謬」的稅案。他呼籲當今財政部長，應該以捍衛台灣財稅基本系統的「系統正義」為己任，勇敢出來解決，即出來「平反」，出來「撥亂反正」，讓國家財稅系統，重新步入正軌。

陳志龍教授指出，太極門稅案的六個年度「稅單」，是「不正常」的稅單，因為不是基層稅務員的「查稅」而形成的稅單，而是照抄檢調移送資料而形成的稅單。國稅局在財政部訴願會撤銷發回要求調查後，在民國89年3月7日函文法務部台北市調處（財北國稅法字第89008316號函）自承：「本局原核定之內容、性質及 金額，均以貴處通告資料與核算為準據」。由此可證，太極門稅務案件，全然沒有任何的稅務調查。

稅捐稽徵法第3條明定「稅捐由各級政府主管稅捐稽徵機關稽徵之」，財政部早於民國70年即函示「調查局所屬各站處調查人員非屬財政部所屬稅捐稽徵人員」。然於太極門稅務案件，法務部調查局台北市調查處竟成為國稅局的上級指導，國稅局竟捨棄職權，完全照抄市調處之資料。

中正大學財經法律學系特聘教授黃俊杰指出，國稅局的函文內容，足以證明國稅局在發單前，未依法律規定及財政部函釋，依職權善盡自行調查之法定義務，明顯違反行政程序法第 43 條「行政機關為處分或其他行政行為，應斟酌全部陳述與調查事實及證據之結果，依論理及經驗法則判斷事實之真偽，並將其決定及理由告知當事人」 之規定意旨，嚴重疏忽法治國家正當程序之基本要求，違背稅捐之正當程序。

東吳大學法學院暨法律系專任教授葛克昌認為，稅法是憲法的一部分，其正當法律程序的要求比行政法要強十倍、百倍。他指出，無效的行為根本沒有時間的限制，自始無效，任何人都可以主張。太極門稅案就是自始無效，這個違反邏輯、重大的錯誤案件，事實上就是無效的行政處分。