據審計部最新總決算報告，台鐵一一三年度列車晚點逾一三二萬次，發生率約十八‧六六%，而南港等四車站部分時段發生率達六至七成。台鐵表示，推動改善措施，包括加速車輛及設備汰換。

為協助台鐵提升服務品質及準點率，政府近年持續投資台鐵辦理汰換老舊車輛及改善軌道基礎設施等多項重大購建固定資產計畫，近十年度（一○四至一一三年度）執行相關專案計畫累計投入約新台幣一○六○億餘元。

審計部總決算報告指出，台鐵一一三年列車準點率僅九十三‧一四%，未達年度目標九十七%，與一一二年度九十五‧九八%相比，下降二‧八四個百分點，其中一一三年全年發生列車延誤三二二六次，影響列車一萬一四三八列次，總延誤時間十四萬二五○一分鐘。

對於列車準點率未達年度目標，台鐵解釋，受一一三年○四○三花蓮地震及餘震達一九○○餘次、六月連續豪雨等劇烈天氣造成土石流路線中斷，及七至九月颱風凱米、山陀兒及康芮等影響，造成設備損害及路線中斷後續搶修、復舊等慢行工程，導致一一三年準點率表現不如預期，在扣除前述天災意外等不可抗力因素後，準點率為九十七‧四五%。

列車延誤除天災因素外，其他還有受號誌設備、車輛、列車自動防護系統及電力設備等故障影響，占一一三年度總延誤時間達卅三‧五六%。

不過，審計部指出，台鐵一一三年度列車順、逆行車次合計發生晚點逾一三二萬次，發生率約十八‧六六%，較一一二年度已有改善。

報告分析，台鐵一一三年度進出站旅客人次達一千萬以上的十二個車站，其中南港、松山、台北、板橋、樹林、桃園、中壢及新竹等八個位於北部車站，每天自上午八時起，即有多個時段列車晚點發生率高於同一方向（順行或逆行）整體平均晚點發生率；其中南港、松山、板橋及中壢等車站，部分時段晚點發生率甚至達六至七成，影響旅運服務品質。

值得注意的是，列車停留超時，也成為列車晚點原因之一。審計部表示，台鐵一一三年度列車發生晚點逾一三二萬次，其中列車在前一停靠站停留超逾表定停留時間，未依表定時刻發車所致者，共廿一萬餘次，占總晚點次數十六‧四二%。

對於審計部要求改善，台鐵表示，正推動短、中、長期改善措施，短期部分，加速老舊車輛及設備汰換，提升妥善率；優化平交道、路線、安全防護設施，包括完成四十六處實體阻隔及廿三處告警系統；導入系統化科技（如軌溫、軸溫、集電弓偵測系統等），即時掌握線上設備運作狀況，降低設備異常中斷營運風險。

此外，檢討尖峰時段北部主要通勤車站旅客上、下車需求，並已於今年六月調整時刻寬裕相關車站列車停靠時間，持續觀察車站相關列車準點情形。

中、長期措施方面，台鐵表示，更新CTC系統（第三代），提升列車自動化調度效能；路線優化、立體化改善工程計畫（新馬站彎道改善工程、花東雙軌化、嘉義市區鐵路高架化計畫、台南市區鐵路地下化計畫、桃園都會區鐵路地下化計畫等），消弭平交道事故。

台鐵指出，將持續辦理沿線實體阻隔及風險路段明隧道與安全防護工程，降低沿線外物入侵及邊坡災害致災風險。