保健食品關稅調降與否受矚目，經濟部在最新評估報告中指出，此議題應要有長期規劃、全盤配套，若要對進口端降稅，也得採分階段逐步調降方式，比如分五年由現行的卅％降至廿％，並強調須協助國內製造端完善經營環境。

針對降稅與否，財政部表示，此事須綜合考量整體利弊得失，將尊重產業主管機關通盤考量後的評估意見。以程序上來說，若未來經濟部決議降稅，須先提報稅式支出報告，交由財政部評估後，再送至關稅稅率審議小組審議。

民進黨立委王世堅、國民黨立委王鴻薇先前在立法院財委會關切，台灣進口保健食品關稅卅％，遠高於美國六‧四％、韓國八％、中國八‧五％和日本十四‧五％，建議台灣進口保健食品關稅應調降，經濟部並允諾提出產業評估報告。

民進黨立委郭國文也關注關稅若要調降，希望減稅利益要反映到終端售價上，同時兼顧國內產業發展。

根據王世堅、郭國文辦公室提供的經濟部報告，經濟部表示，因應經濟自由化趨勢，及目前政府積極推動參與區域經濟整合、比如跨太平洋夥伴全面進步協定（CPTPP），關稅議題影響層面廣泛，國內外產品的競爭關係及雙邊貿易基礎公平與否，是複雜的議題。

經濟部在報告中指出，若考量外界需求，須調降關稅，國內進出口貿易業者及製造業建議優先爭取國與國對等降稅，如需自主先行降稅，建議要有長期的規劃及全盤的配套。

經濟部進一步提及，對國內製造端，應協助建立完善的產業經營環境，比如適度鬆綁國內食品管理相關法規等；對進口端，則採分階段逐步調降的方式，比如分五年由卅％降至廿％。

經濟部強調，同時須透過配套措施，加強管控進口產品的品質及安全性，並確保調降關稅可反映至終端售價，讓消費者真正可以更優惠的價格，取得國外真正優質的產品，兼顧產業發展及消費者權益之間的平衡性，以達到實質效益。