环境部指出，全国三○三站水质测站还剩十站严重污染，集中在中南部。主要污染源为畜牧废水，由农业部推动畜舍现代化及管理，环境部推动集中或大代小专业处理畜牧废水，并收集沼气发电；生活污水因受限污水下水道兴建期长且经费庞大，在行政院协调下，将跨部会合作分工多元化处理；事业废水，环境部推动科技执法查缉偷排以及总量管制。後续行政院也将成立水及流域永续推动小组跨部会聚焦处理，强化河川变迁韧性调适。

环境部表示，由於气候变迁极端天气影响，旱涝交替、短延时强降雨频次增加，以及水库防洪排砂、河道整治及经济成长等因素，导致河川水质维护更加困难。但在中央地方及各界努力下，改善河川污染，严重污染站数已较九十一年减少八十五%；以污染长度来看，轻度污染以下高达七十五% ，显示河川水质持续改善，七成五以上河段水质良好。

水污法规定畜牧场要在一一八年前，达到十%资源化，畜牧场可将沼液沼渣作为农田肥分使用，或是放流水回收浇灌植物。全国约五千家畜牧场，已近四千家一千三百万吨废水资源化。但南部养猪场密集区域仍需改善，将与农业部聚焦合作，由农业部辅导补助畜舍现代化改建及管理；环境部则媒合专业系统商有效集中处理废水，且收集沼气发电，也同时将加强稽查管制处罚。

全国生活污水处理率已达七十一%，其中公共下水道普及率四十三，%，社区专用下水道9%，建筑物处理设施设置率19%。环境部持续协调内政部，对严重污染河段优先开办下水道及截流工程；同时下达「生活污水污染削减专案计画」，督导地方办理污水削减。此外，行政院已协调内政部整合部会研拟下一阶段第7期污水下水道计画，因地制宜多元化下水道建设，除加速都市计画区建设外，对非都地区部会分工协助设置小规模下水道系统，预期可提升污水处理率。

行政院将成立「水及流域永续推动小组」，建构跨部会协调机制，积极整合治理，并由四个分组多面向有效推动水资源运用。环境部主办协调水污染防治及放流水管制之河川水环境分组，目的在促进水质改善，提升水资源利用及效率，同时消除中重度污染河段，强化韧性调适，规划成立三个工作圈，与经济部、内政部及农业部合作加速推动，依国家环境保护计画施政目标，一一九年达「无」严重污染河段。