環境部指出，全國三○三站水質測站還剩十站嚴重污染，集中在中南部。主要污染源為畜牧廢水，由農業部推動畜舍現代化及管理，環境部推動集中或大代小專業處理畜牧廢水，並收集沼氣發電；生活污水因受限污水下水道興建期長且經費龐大，在行政院協調下，將跨部會合作分工多元化處理；事業廢水，環境部推動科技執法查緝偷排以及總量管制。後續行政院也將成立水及流域永續推動小組跨部會聚焦處理，強化河川變遷韌性調適。

環境部表示，由於氣候變遷極端天氣影響，旱澇交替、短延時強降雨頻次增加，以及水庫防洪排砂、河道整治及經濟成長等因素，導致河川水質維護更加困難。但在中央地方及各界努力下，改善河川污染，嚴重污染站數已較九十一年減少八十五%；以污染長度來看，輕度污染以下高達七十五% ，顯示河川水質持續改善，七成五以上河段水質良好。

水污法規定畜牧場要在一一八年前，達到十%資源化，畜牧場可將沼液沼渣作為農田肥分使用，或是放流水回收澆灌植物。全國約五千家畜牧場，已近四千家一千三百萬噸廢水資源化。但南部養豬場密集區域仍需改善，將與農業部聚焦合作，由農業部輔導補助畜舍現代化改建及管理；環境部則媒合專業系統商有效集中處理廢水，且收集沼氣發電，也同時將加強稽查管制處罰。

全國生活污水處理率已達七十一%，其中公共下水道普及率四十三，%，社區專用下水道9%，建築物處理設施設置率19%。環境部持續協調內政部，對嚴重污染河段優先開辦下水道及截流工程；同時下達「生活污水污染削減專案計畫」，督導地方辦理污水削減。此外，行政院已協調內政部整合部會研擬下一階段第7期污水下水道計畫，因地制宜多元化下水道建設，除加速都市計畫區建設外，對非都地區部會分工協助設置小規模下水道系統，預期可提升污水處理率。

行政院將成立「水及流域永續推動小組」，建構跨部會協調機制，積極整合治理，並由四個分組多面向有效推動水資源運用。環境部主辦協調水污染防治及放流水管制之河川水環境分組，目的在促進水質改善，提升水資源利用及效率，同時消除中重度污染河段，強化韌性調適，規劃成立三個工作圈，與經濟部、內政部及農業部合作加速推動，依國家環境保護計畫施政目標，一一九年達「無」嚴重污染河段。