對於某媒體投書指稱內政部主管濕地破壞遭受踐踏，內政部國家公園署澄清，依據濕地保育法目前劃設五十九處重要濕地，包含二處國際級，四十處國家級，十七處地方級，面積共有四萬二七三○公頃。這些重要濕地均依法擬定保育利用計畫，進行濕地環境保育及明智利用項目管理，沒有所謂光電設置踐踏珍貴濕地情形。一一三年國內出現黑面琵鷺數量，也較一一二年同期呈現增加趨勢，並無減少狀況。

國家公園署表示，濕地保育法施行以來，從來沒有允許於國內其他重要濕地設置任何綠能設施。該文所指嘉義布袋、台南七股、高雄永安等鹽田設置光電場區域，均非依法劃設重要濕地範圍。而先前曾配合桃園農業博覽會新屋農博環境教育園區設置，同意於桃園新屋十二―十四號池（屬桃園埤圳重要濕地）設置示範光電設施，也屬示範性設施，並嚴格監控管制。

此外，內政部也非綠能設施主管機關，該文宣稱國家公園署原本規劃嘉義、臺南共八百公頃鹽灘地搭建光電板一事絕非事實。

國家公園署說明，目前最新黑面琵鷺調查資料顯示，截至一一三年十二月國內出現三二○五隻，相較一一二年同期增加一七六隻，相較前次調查也增加一二五隻，沒有濕地設置光電造成數量減少情形。國家公園署強調，如果在重要濕地或其保育利用計畫範圍內，發生破壞生物洄游通道及野生動植物繁殖區或棲息環境等行為，將立即依濕地保育法裁罰，籲各界共同守護珍貴濕地環境。