濕地具有調節氣候、涵養水源、滯洪防災及淨化水質等功能，尤其近年來，全球因受溫室氣體排放及暖化影響，澇、旱災頻次增加，民眾對於滯洪防災及淨化水質高度重視，亦顯示濕地保育的重要性，且濕地具有豐富的生物多樣性，也是重要的生物基因庫及繁衍棲息地。國家公園署指出，為了達到濕地保育的目標，推廣濕地環境教育必須普及民眾對於生態保育的認知，強調愛惜生態資源以及維護自然環境對永續生活的重要性。

依據《濕地保育法》第四條，濕地係指天然或人為、永久或暫時、靜止或流動、淡水或鹹水或半鹹水之沼澤、潟湖、泥煤地、潮間帶、水域等區域，包括水深在最低低潮時不超過六公尺之海域。例如東沙環礁國家公園其西側潟湖口周邊區域擁有大面積的海草床，提供尖嘴檸檬鯊生育環境，是檸檬鯊族群最重要的育幼場，且已知為全球僅有！更是南海唯 一記錄到幼鯊、小鯊穩定出沒的區域。每年懷著寶寶的尖齒檸檬鯊母鯊，都會回到曾經孕育牠、陪伴牠成長的棲地，彷彿回到令牠最安心的娘家，待產、生下幼鯊，將這片最好的棲地交給下一代。

《濕地保育法》第八條規定重要濕地分為國際級、國家級及地方級三級。國家公園署副署長陳貞蓉表示，截至一一三年底，我國重要濕地包含國際級重要濕地兩處（曾文溪口濕地、四草濕地）、國家級重要濕地四十處、地方級重要濕地十七處，及暫定重要濕地二處。國家公園署指出，被列為「國際級重要濕地」之一的曾文溪口濕地，是瀕危物種黑面琵鷺每年來臺渡冬棲息及覓食的重要場域，深受全球鳥類保育人士矚目。此外曾文溪出海口還有約二百多種候鳥，鳥類資源相當豐富，每年亦吸引眾多賞鳥人士前來朝聖。

由於濕地保育及維護生物多樣性的重要性，要如何做好濕地保育？專家指出可從以下著手：一、自然濕地應優先保護，並維繫其水資源系統。二、加強保育濕地之動植物資源，不騷擾濕地內之雀鳥，不採摘任何在濕地生長之植物。三、具生態網絡意義之濕地及濕地周邊環境和景觀，應妥善整體規劃及維護。四、配合濕地復育、防洪滯洪、水質淨化、水資源保育及利用、景觀及遊憩，推動濕地系統之整體規劃。必要時，得於適當地區以適當方式闢建人工濕地。